檢調互信被重創,近年首推2006年台北地檢署偵辦台開案。當時因總統女婿趙建銘被羈押,檢察官許永欽有辦案時限壓力,必須鞏固複雜的內線交易犯罪事證,避免備多力分。
但當時調查局因清查第一 家庭 與第一親家的 帳戶 頻頻「開花」,有意引導檢方「擴大戰線」,雙方終因矛盾而引爆衝突。檢方不滿調局頻將案情洩漏給媒體藉以向檢方施壓,調局則嫌檢方保守以致功敗垂成,檢調關係降至冰點。許永欽還在自己「 經濟 犯罪」一書中,直指自稱天下第一處的司法單位根本是「爆料第一處」。
北檢因台開案體認到辦案須有「子弟兵」的重要,因此加強訓練署內的檢察事務官,並從同年北投纜車弊案開始操兵,減少假手調查局協助的 機會 。
2006年查黑中心偵辦國務機要費案時,檢察官陳瑞仁面對龐大的發票單據、複雜的黨政涉案人士,也是寧可自己率事務官曠日廢時比對、查證,也絕不假手調查局。陳瑞仁更於國務費案起訴後一次回到調查局上課的機會,點明調查人員若不改掉一再洩密的毛病,調查局就沒有存在價值的重話。
如今檢、調又因最高檢特偵組偵辦花蓮三棧砂石場弊案疑有調查高層洩密給立委、扁家海外資金帳戶情資疑遭匿報,重創互信,短期內雙方雖不致不再合作,但在檢察官仍為法定的指揮犯罪偵查主體下,檢方辦重案不再非調查局不可,一旦日後社會要求成立「廉政署」呼聲再起,調查局的角色將更形尷尬。